為了加強(qiáng)對洪水影響評價的管理工作，水利部在2013年發(fā)布了《關(guān)于加強(qiáng)洪水影響評價管理工作的通知》（水汛〔2013〕404號），其中明確規(guī)定了洪水影響評價工作的組織領(lǐng)導(dǎo)、管理目標(biāo)要求、評價報告的編寫和審批管理機(jī)制、報告審批的條件以及評價監(jiān)督管理等方面的具體要求。

2014年，水利部發(fā)布了《關(guān)于深化水利改革的指導(dǎo)意見》（水規(guī)計〔2014〕48號），提出要大幅度減少水行政審批事項(xiàng)，進(jìn)一步簡政放權(quán)，深化水行政審批制度改革。要將推進(jìn)水工程建設(shè)規(guī)劃同意書、建設(shè)項(xiàng)目水資源論證、洪水影響評價、水土保持方案、涉河建設(shè)項(xiàng)目、水利基建前期工作等審查審批項(xiàng)目分類合并實(shí)施。同時，改進(jìn)水行政審批和監(jiān)管方式，對于確需保留的水行政審批事項(xiàng)，要明確管理層級、簡化審批程序。

2015年，水利部發(fā)布了《關(guān)于改革高速公路在水域管理范圍內(nèi)的行政審批的通知》（水政法〔2015〕431號），明確了與高速公路建設(shè)相關(guān)的三個行政審批事項(xiàng)：河道管理范圍內(nèi)建設(shè)項(xiàng)目工程建設(shè)方案審批、非防洪建設(shè)項(xiàng)目洪水影響評價報告審批和生產(chǎn)建設(shè)項(xiàng)目水土保持方案審批的改革事宜。如果高速公路項(xiàng)目要跨越多個河道管理范圍、洪泛區(qū)、蓄滯洪區(qū)，需要同時申請2個或更多河道管理范圍內(nèi)建設(shè)項(xiàng)目工程建設(shè)方案審批、非防洪建設(shè)項(xiàng)目洪水影響評價報告審批，應(yīng)該以項(xiàng)目法人為單位編制一份技術(shù)報告并一并進(jìn)行審批。

2016年，水利部發(fā)布了《水利部整合投資項(xiàng)目涉水行政審批實(shí)施辦法》（水規(guī)計〔2016〕22號），進(jìn)一步對涉水行政審批的投資項(xiàng)目進(jìn)行了分類整合。將水工程建設(shè)規(guī)劃的同意書審批、河道管理范圍內(nèi)建設(shè)項(xiàng)目工程建設(shè)方案的審批、非防洪建設(shè)項(xiàng)目的洪水影響評價報告審批以及國家基本水文測站上下游建設(shè)對水文監(jiān)測工程的審批整合為了“洪水影響評價類審批”。